Kritikpunkt #1: Stage-Gate ist zu unflexibel
Projekte gut strukturieren zu können, ist die größte Stärke des Stage-Gate-Prozesses, doch leider auch seine größte Schwäche. In den meisten Fällen ist der Innovationsprozess gespickt von Wiederholungen, Überarbeitungsphasen, Richtungswechseln sowie Sackgassen. Im Rahmen des Stage-Gate-Prozesses ist man stark an die einzelnen Phasen gebunden und kann, wenn überhaupt, nur sehr begrenzt vorgreifen (z. B. eine Prototypenentwicklung in der Ideenphase). Doch dieser Aspekt kreuzt sich unglücklicherweise oft mit dem natürlichen Charakter des Innovationsprozesses.
Zudem sind häufig nur wenige bis gar keine Informationen zu möglichen Liefergegenständen vorhanden. Das ist nicht verwunderlich, zumal es das ausgeschriebene Ziel der Innovation ist, bisher unbekannte Gebiete zu erforschen. Besonders zu Beginn des Innovationsprojekts wird es der Projektmanager schwer haben, vollständige Liefergegenstände einzureichen. So kommt es nicht selten vor, dass Projekte mit einem großen Innovationspotential bereits in einer frühen Stage-Gate-Phase festgefahren sind, weil zu diesem Zeitpunkt die theoretisch notwendigen Gate-Informationen oftmals nicht vorhanden sind.
Kritikpunkt #2: Stage-Gate kann leicht ausufern.
Je länger der Stage-Gate-Prozess eingesetzt wird, umso mehr Daten zu verschiedenen Projekten sind vorhanden. Das ist zunächst eigentlich eine gute Sache, da so Erkenntnisse aus bereits abgeschlossenen Projekten gewonnen werden können. Problematisch kann es jedoch werden, wenn jedes kleinere Problem eine Überarbeitung des Prozesses nach sich zieht. Im Rahmen dieser Aktualisierungen werden nämlich meist weitere Kriterien oder Dokumente verlangt, wodurch sich der Prozess immer weiter aufbläht. So wird nach und nach zu viel Zeit und Energie für die Prozessdokumentation aufgewendet anstatt für die eigentliche Entwicklungsarbeit.
Kritikpunkt #3: Erst am Ende des Projekts können wichtige Schlüsse gezogen werden.
In den meisten Fällen gilt der Leitsatz: Keine Planung ist so vollkommen, dass sie der ersten Gegenüberstellung mit dem Kunden standhält. Bei einem Prozess wie Stage-Gate, beim dem erst das Endprodukt an den Kunden geliefert wird, kann Feedback nicht in den Entwicklungsprozess mit eingebunden werden. Moderne Geschäftsbeziehung verlangen nach hoher Geschwindigkeit und Reaktionsfähigkeit. Dies erklärt den Erfolg agiler Methoden und den wachsenden Bedarf an schnelleren Lernzyklen.